Nedaleko francouzského pobřeží vytáhli rybáři z moře těžce postřeleného muže. Když se probere, nedokáže říci, kdo je a co se mu stalo. Trpí ztrátou paměti a jediným pojítkem s minulostí je čip s kódem k účtu v jedné švýcarské bance, který měl implantován pod kůži. Když se uzdraví, vydá se pátrat po své totožnosti a zamíří nejprve do Curychu. Tady nejprve ke svému překvapení zjistí, že dokonale ovládá bojová umění, když v parku hravě vyřídí policisty, kteří chtějí vidět jeho doklady. V bankovní schránce pak objeví pistoli, velkou finanční částku, americký pas na jméno Jason Bourne a několik pasů dalších států. Chce pokračovat v pátrání na americkém konzulátu, ale tady je nečekaně napaden a musí prchat před ozbrojeným komandem. Dostane se z budovy a přesvědčí německou dívku Marii, aby ho za dvacet tisíc odvezla do pařížského bytu, jehož adresu našel také v bankovním boxu. V patách však mají pronásledovatele, které řídí bezohledný šéf Conklin, pověřený zavražděním afrického politika Wombosiho. V pařížském bytě však Bourne nenajde nic, co by mu pomohlo odhalit vlastní minulost. I tady jsou vzápětí odhaleni agentem, který je napadne. Dívka zjistí, že muž, kterého Jason přemůže, má u sebe i její fotografii. Jason ji nechce vystavovat nebezpečí a proto jí chce zaplatit a pokračovat v pátrání sám. Ona se však rozhodne, že s ním zůstane a pomůže mu. Zatímco se ukryjí v malém hotýlku a stanou se milenci, Nicolette ohlásí Conklinovi, že se Wombosi sháněl v márnici po mrtvole Kanea, který údajně zahynul při autonehodě. Nedlouho poté politika zastřelí agent s krycím jménem Profesor, Conklin však před nadřízeným hodí vraždu na Bournea. Profesor mezitím dostane za úkol najít a zabít Jasona a Marii. Ti najdou úkryt ve venkovském domě dívčina nevlastního bratra Eamona, který nečekaně přijede i se svou rodinou a není příliš nadšen, když tu dvojici objeví. Další den Jason pochopí, že byli opět odhaleni. Ukryje všechny ve sklepě a pak odláká zabijáka do polí, kde ho zabije. Jason se s pomocí profesorova mobilu spojí s Conklinem a dá si s ním schůzku. Všimne si však agentů, kteří obklíčili místo schůzky a proto ji zruší. Místo toho pronikne do centrály, kde se od Conklina dozví, že je vyškoleným agentem zabijákem, který měl za úkol zabít Wombosiho. Začnou se mu vracet vzpomínky na události, ke kterým došlo na politikově jachtě. Chce začít nový život s Marií, ale marně žádá Conklina, aby ho prohlásil za mrtvého. Místo toho je znovu napaden. Prostřílí se přesilou protivníků ven z domu. Tady však čeká ukrytý odstřelovač.