Mladší syn významného českého herce Rudolfa Hrušínského. Navázal na rodinnou tradici a v letech 1970 – 1976 vystudoval hudebně dramatické oddělení pražské konzervatoře. Od té doby se nepřetržíte věnuje profesionálnímu divadlu. Jeho první angažmá ho zavedlo do Činoherního studia v Ústí nad Labem. Od roku 1984 působí v Praze, kde byl postupně členem Realistického divadla, Divadla Na zábradlí a Divadla ABC. Opakovaně účinkoval také v Divadle v Řeznické. V roce 2002 založil Divadelní společnost Jana Hrušínského, od prosince 2004 je ředitelem Divadla Na Jezerce, s nímž spolupracují význační režiséři, herci a výtvarníci. Toto divadlo pod jeho vedením dnes patří k nejúspěšnějším pražským scénám. Jan Hrušínský se zde začal věnovat také divadelní režii. Prosadil se výrazně i v televizi a filmu.