Ve filmu debutoval populárním filmem Co je malý, to je hezký. Režíroval dále filmy Jumanji (1995), The Rocketer a October Sky, tento film získal Cenu filmových kritiků za nejlepší rodinný film, dále Cenu Humanitas a nominaci Svazu scénáristů za scénář.

Než se Johnston stal režisérem, pracoval jako tvůrce zvláštních efektů pro Stevena Spielberga a George Lucase. Začal svou dráhu televizní adaptací klasického románu H. G. Wellse Válka světů. Pak se připojil k týmu Lucas film a pracoval na zvláštních efektech již zmíněných Hvězdných válek. Pracovní úspěchy mu umožnily u Lucase nejen tvorbu zvláštních efektů, ale i odpovědnost za výtvarnou stránku filmu Imperium vrací úder (1980) a Návrat Jediho (1983). Spolupráce se Spielbergem začala v roce 1981 na Dobyvatelích ztracené archy a pokračovala na Indianu Jonesovi a Chrámu zkázy (1984). Na Spielbergově sci-fi dramatu Baterie nejsou v ceně (1987), působil již jako pomocný režisér a v roli odborného poradce se podílel na Spielbergově televizním dramatu Navždy.

Než natočil svůj první film ( Co je malý, to je hezký) spolupracoval na řadě filmů, včetně jednoho dílu tv seriálu Kronika mladého Indiana Jonese. Z jeho dalších filmů si připomeňme Dobrodružství Ewoků (1984), Bitva o planetu Endor (1985), a Vládce knih (1994).

Narodil se v Austinu v Texasu. Původně se chtěl stát oceanografem. Změnil však své úmysly a zapsal se do uměleckého kurzu na City College v Pasadeně (L.A.), později studoval průmyslový a grafický design a ilustraci na Kalifornské státní univerzitě v Long Beach a konečně Film na Univerzitě jižní Kalifornie (USC).