Súdni kriminalisti z Miami musia tentoraz spojiť svoje sily s kolegami z New Yorku, aby spoločne vypátrali brutálneho dvojnásobného vraha. Po Las Vegas a Miami po prvý raz spoznáme prostredie forenzných detektívov v hektickom a nikdy nespiacom kozmopolitnom New Yorku a zoznámime sa s jeho hlavnými predstaviteľmi. V úlohách policajných vyšetrovateľov sa predstavia Melina Kanakaredesová a Gary Sinise ako detektívi Stella Bonaseraová a Mac Taylor. Keď sa tínedžerka Laura Spelmanová v noci vrátila domov z miamskej diskotéky, našla oboch svojich rodičov brutálne zavraždených. Šéf tímu CSI Horatio Caine (DAVID CARUSO) jej sľúbi, že páchateľov nájde za každú cenu a trest ich neminie. Zabijak si na mieste činu neopatrne odkašľal a zanechal tam svoju slinu. Pre laboratóriá CSI je to vzácny a výrečný biologický materiál, ktorý môže pod výkonnými prístrojmi prezradiť o páchateľovi takmer všetko. Calleigh Duquesneová (EMILY PROCTEROVÁ) v slinách objaví mimoriadne zriedkavé chemické prvky. Jedinečné zlúčeniny sa mohli dostať do pľúc iba takého človeka, ktorý sa nachádzal v New Yorku presne 11. septembra 2001, po útoku na dvojicu budov World Trade Center, pretože sa výdatne nadýchal splodín z oblakov dymu po ich páde. Stopa zločinu spáchaného v Miami teda vedie priamo do New Yorku. Šéf špeciálnej forenznej jednotky súdnych vedcov C.S.I. z miamskej kriminálky Horatio Caine letí do New Yorku, aby požiadal o pomoc svojich kolegov z tamojšieho špeciálneho tímu CSI New York. Jeho šéf, detektív prvého stupňa Mack "Mac" Taylor (GARY SINISE), práve vyšetruje vraždu policajta v utajení Nicka Murdocha (CHRISTOPHER JOHN FIELDS). Vyjde najavo, že tento muž je vlastne Horatiov hlavný podozrivý z miamskej dvojnásobnej vraždy. Tajného policajta Murdocha však v New Yorku zastrelili už pred troma dňami, a preto nemohol v Miami zavraždiť dvoch ľudí. Jeho smrť mu potvrdila alibi. Do hry vstupuje polovičný odtlačok prsta, ktorý spoločne objavili kriminalisti jednotiek CSI z Miami a New Yorku. Ten ich dovedie k odhaleniu identity ďalšieho možného páchateľa. Je to Davey Penrod (JOHN MARIANO), známy drogový díler a nenapraviteľný zločinec. Keď ho polícia prichádza zatknúť, lotor ešte stačí uniknúť zo svojho bytu. Pri prehliadke Horatio nájde kľúčovú stopu - letenku, na ktorej je perom poznačená adresa obetí, ktoré sú určené na likvidáciu. Nastane šok. Adresa skutočne vyvraždenej rodiny nie je totožná s adresou na letenke. Je zrejmé, že Penrod mal problémy s komunikáciou a písaním, pretože zapísaná adresa označuje iný cieľ. Vrah zabíjal v Miami na nesprávnej adrese a omylom zabil iných ľudí! Majitelia udanej adresy totiž bývajú v New Yorku. Po tomto zistení Horatio beží alarmovať "správne" obete, určené na likvidáciu, ale prichádza neskoro - aj u nich už úradoval zabijak. Našťastie, jedna ťažko zranená obeť jeho útok predsa len prežila.